Le nom « Yukon » vient probablement de yu-kun-ah, mot qui signifie « grande rivière ». En 1846, descendant en canoë la rivière Porcupine jusqu'au confluent du fleuve Yukon, John Bell, agent principal de la Compagnie de la Baie d'Hudson, y rencontra des Autochtones qui appelaient celui-ci « youcon ». En ce qui a trait à la longueur, le Yukon est le cinquième fleuve d'Amérique du Nord.

Le territoire du Yukon pourrait avoir été la première région du Canada peuplée par l'homme. On pense que les ancêtres des peuples autochtones ont pu franchir le détroit de Béring, passant ainsi d'Asie en Amérique du Nord il y a plus de 4 000 ans. La langue est au coeur de l'histoire des Premières nations du Yukon. L'histoire et les traditions des nombreux peuples des Premières nations du Yukon se sont transmises oralement de génération en génération par l'enseignement des anciens. Sept dialectes de l'athapascan sont parlés au Yukon : le gwich'in, le han, le kaska, le tagish, le haut tanana, le tuchtone du Nord et le tuchtone du Sud. Le tlingit se parle aussi dans le sud-ouest du Yukon.

En 1825, explorant les côtes arctiques à la recherche du passage du Nord-Ouest, John Franklin devenait le premier Européen à atteindre le Yukon, qui faisait alors partie de la Terre de Rupert. En 1848, la Compagnie de la Baie d'Hudson avait déjà établi quatre postes de traite sur une route suivie traditionnellement par les chasseurs des Premières nations.

Le gouvernement du Canada fit l'acquisition de la Terre de Rupert, en 1870, de la Compagnie de la Baie d'Hudson, et toute cette région fut regroupée sous l'appellation de Territoires du Nord-Ouest. Les frontières du Yukon furent fixées pour la première fois en 1895, année où il devint un district des Territoires du Nord- Ouest. Toutefois, en raison de l'isolement du lieu et du climat rigoureux du territoire, la population est restée clairsemée jusqu'à la découverte de l'or.

Après la découverte des premières pépites dans les eaux du Rabbit Creek (rebaptisé plus tard Bonanza Creek) en 1896, le Klondike devint l'une des régions les plus peuplées du nord-ouest du continent, recevant l'afflux de milliers de prospecteurs pleins d'espoir. Au cours des années 1898 et 1899, la ville de Dawson, située à la jonction de la rivière Klondike et du fleuve Yukon, abritait plus de 40 000 habitants.

L'accroissement soudain de la population, lors de la ruée vers l'or du Klondike, incita le gouvernement fédéral à exercer, au Yukon, un contrôle plus étroit. Le Yukon est devenu territoire distinct en 1898, avec l'adoption de la Loi sur le Yukon, et Dawson devint capitale du nouveau territoire. En 1953, la ville la plus peuplée et le centre de l'activité économique du Territoire, Whitehorse, devint la nouvelle capitale.

Entre 1896 et 1903, on a trouvé de l'or valant plus de 95 millions de dollars dans la région de la rivière Klondike. Toutefois, dès 1911, lorsque l'or placérien facilement extrait fut épuisé, la population de Dawson chuta à 8 512 habitants et de nos jours, elle n'est plus que d'environ 1 200. Le Klondike demeure toujours l'une des grandes attractions touristiques du Yukon. Chaque année, le 17 août, on célèbre l'anniversaire de la découverte du précieux métal jaune dans le Bonanza Creek.

En 1898, la Loi sur le Yukon instituait le poste de commissaire, ainsi qu'un Conseil législatif dont les six membres furent d'abord nommés par le gouvernement du Canada. Dans les années qui suivirent, des membres élus vinrent siéger au conseil, et on eut, en 1909, un premier conseil entièrement élu.

En 1979, un comité exécutif a été établi pour assister le commissaire territorial dans ses fonctions, et les membres élus de ce comité ou conseil exécutif ont progressivement assumé de plus grandes responsabilités. Avec l'introduction officielle en 1978 du système des partis, le chef élu du parti qui a remporté la majorité des sièges à l'Assemblée législative est le chef du gouvernement. Depuis l'avènement du gouvernement responsable, en 1979, le commissaire ne fait plus partie du conseil exécutif. Le chef du gouvernement dispose de l'autorité pour déterminer la taille du conseil exécutif et y faire les nominations, tout comme les premiers ministres des provinces à l'égard de leur conseil des ministres.

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