Il y a quelque vingt cinq millions d'années, les vastes plateaux du Kénya, à la suite d'une pression souterraine, s'enflèrent jusqu'à former un immense dôme. De violentes éruptions créèrent les volcans que nous connaissons de nos jours sous les noms de monts Kénya, Kilimandjaro (en Tanzanie), Elgon. Une partie du dôme s'affaissa à l'ouest créant le lac Victoria ; la faille s'amplifia vers le nord et le sud jusqu'à former l'actuelle vallée du Rift, de la Mer Rouge au Mozambique.

La formation de cette faille géante eut d'importantes répercussions sur la végétation et la vie animale du Kénya préhistorique. Les eaux recueillies au fond de la vallée créèrent une série de lacs auprès desquels vivaient nos ancêtres. Plusieurs sites out été découverts, riches en fossiles et objets de pierre, ainsi qu'une trace d'hominidé et de singe remontant à vingt-cinq millions d'années. Mary et Louis Leakey commencèrent leurs fouilles en 1934. Leur théorie de l'évolution humaine a été au centre de multiples débats, mais depuis les découvertes des sites d'Olduvai Gorge en Tanzanie et Koobi Fora sur les bords du lac Turkana, celle-ci a été mondialement reconnue. Il y a quelque 2,5 millions d'années Australopithecus Afarensis évolua en Australopithecus Africanus.

Entre 2 et 1.6 millions d'années l'Africanus se divisa en deux branches : Australopithecus Robustus devint végétarien, se nourrissant essentiellement de plantes. L'autre, l'Homo Habilis, devint un carnivore, se nourrissant de charogne au début, puis des produits de sa chasse. Il fut ainsi amené à penser et à développer des outils. On a relevé des traces d'activités humaines organisées remontant jusqu'à 2 millions d'années, mais c'est seulement il y a 300.000 ans que l'Homo Erectus évolua en Homo Sapiens. Les traces d'Homo Sapiens sont rares au Kénya, mais nous savons, grâce à trois cranes trouvés dans la vallée de I'Omo, qu'il habitait, il y a 100.000 ans les vastes plaines d'Afrique de l'Est. A cette époque c'était un chasseur ermite, vivant grâce aux importants troupeaux de gazelles et d'antilopes qui peuplaient la savane africaine. L'homme moderne au sens anatomique émergea réellement il y a 40.000 ans. 20.000 plus tard, il façonnait de délicats objets en pierre et en os.

Cette technologie de l'âge de la pierre continua jusqu'à l'arrivée des premiers agriculteurs d'origine couchite, il y a plus ou moins 4000 ans, puis des Bantous. Au moment de la naissance du Christ, la côte kenyane, en particulier Malindi et Mombasa, connaissait un essor économique important. C'est aussi à cette époque que l'on situe la naissance de la langue officielle du Kénya, le Kiswahili, un mélange d'arabe et de langue locale. Il existe peu de traces des premiers émigrants arabes qui s'installèrent à Mogadisho, Mombasa, Malindi, Lamu, Kilwa. Les huttes traditionnelles en terre firent place aux palais de corail à l'architecture délicate. Ce fut le début d'un âge d'or qui dura plusieurs siècles.

Au début du XVIe siècle arrivent les Portugais dont la domination sera éclipsée par celle des sultans d'Oman en 1698. Cependant, ces colonisations restent confinées à la côte du Zanguebar sans désirs d'exploration vers l'intérieur du continent ; le but étant le contrôle de la route maritime des Indes. Suite aux explorateurs, comme Eduard Carl Oscar Theodor Schnitzer, la colonisation complète du Kénya débuta d'abord par ce qui fût un protectorat allemand sur ce qui était auparavant une partie des possessions du sultan de Zanzibar. En 1895, elle est cédée par Berlin au Royaume-Uni à la suite de l'arrivée dans l'intérieur des terres, en 1888, de la Compagnie britannique impériale d'Afrique de l'Est.

Le nouveau protectorat est appelé Afrique orientale britannique. En 1902, les colons blancs sont autorisés d'accéder aux hautes plaines fertiles. Les Africains furent exclus de participation politique directe jusqu'en 1944.

D'octobre 1952 à décembre 1959, la rébellion Mau Mau combat la loi coloniale britannique. Les décideurs britanniques firent alors participer de plus en plus des Africains aux processus gouvernementaux, afin de couper les rebelles de leur soutien. Les premières élections directes pour Africains au Conseil législatif eurent lieu en 1957. Bien que les Britanniques espérèrent transmettre le pouvoir à un groupe modéré, ce fut le Kénya African National Union (KANU) de Jomo Kenyatta, membre de la tribu des Kikuyu et ancien prisonnier sous la loi martiale, qui forma le premier gouvernement peu après l'indépendance du pays le 12 décembre 1963. Un an plus tard Kenyatta devenait le premier Président de la République.

À la mort de Kenyatta le 22 août 1978, le vice-président Daniel Arap Moi devient président par intérim, puis officiellement président le 14 octobre après avoir été élu à la tête du KANU et désigné comme son seul candidat. Il est Kalenjin et non Kikuyu. Il restera président jusqu’en 2002. En décembre 2002, une coalition disparate de partis d'opposition remporta les élections, et son chef, Mwai Kibaki, ancien vice-président de Moi, fut élu Président à une large majorité. Allié des États-Unis dans la lutte contre les islamistes de Somalie, dont certains auraient trouvé refuge dans l'est du Kénya début 2007, le pays a connu de graves troubles à la suite de la réélection contestée du président Mwai Kibaki en décembre 2007. Le Kenya touché par la sécheresse et l'augmentation du prix des denrées de base subit actuellement une grave crise alimentaire.

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